-
1 T DNA borders
Т-ДНК границы — прямые повторяющиеся последовательности размером в 25 п. о., фланкирующие Т-область в Ti-плазмиде. Т-ДНК г. очень важны для vir-индуцируемого вырезания Т-нити после контакта бактерии с клетками растения в месте поражения, поскольку они содержат сайты узнавания для границе специфических эндонуклеаз, кодируемых vir-областью. Эндонуклеазы надрезают нижнюю нить в этой области. По-видимому, только правая граница в ее естественной ориентации важна для переноса Т-ДНК и, возможно, для ее интеграции в геном клетки-хозяина.Англо-русский толковый словарь генетических терминов > T DNA borders
-
2 Bioinformatics
Биоинформатика — новое направление исследований, использующее математические и алгоритмические методы для решения молекулярно-биологических задач. В отечественной генетике зарождение этого направления тесно связано со становлением и развитием Института цитологии и генетики СО АН СССР в Новосибирском Академгородке. Первая международная конференция по Б. регуляции и структуры генома в странах СНГ была организована и проведена в этом институте (24–31 августа 1998 г.). Совершенствование экспериментальных методов приводит к экспоненциальному росту молекулярно-биологических данных и возникновению абсолютно новой для биологии междисциплинарной задачи анализа и хранения информации из лабораторий, рассеянных по всему миру. Задачи Б. можно определить как развитие и использование математических и компьютерных методов для решения проблем молекулярной биологии. Выделяют: (1) Задачу поддержания и обновления баз данных. Современная эра в молекулярной биологии началась с момента открытия двойной спирали Уотсоном и Криком в 1953 г. Эта революция породила большой объем данных полученных прямым чтением ДНК из разных участков геномов. Быстрое секвенирование стало возможно 10 лет назад, первый полностью секвенированный геном — геном бактерии Haemophilus influenzae, 1800 т.п.н. В 1996 г. закончено секвенирование первого генома эукариот, генома дрожжей (10 млн п.н.) и секвенирование продолжается со скоростью более 7 миллионов нуклеотидов в год. Знание геномной ДНК в значительной мере сделало возможным ряд фундаментальных биологических открытий, таких как интроны, самосплайсирующиеся РНК (см. РНК-процессинг), обратная транскрипция и псевдогены. Однако существующие базы данных не вполне адекватны требованиям молекулярных биологов: одной из нерешенных проблем является создание программного обеспечения для простого и гибкого доступа к данным. (2) Другой класс задач в большей степени ориентирован на поиск оптимальных алгоритмов для анализа последовательностей. Типичным примером такой задачи является задача выравнивания: как выявить сходство между двумя последовательностями, зная их нуклеотидный состав? Задача решается множество раз в день, поэтому нужен оптимальный алгоритм с минимальным временем выравнивания. (3) Можно также выделить ряд направлений современной Б.: создание и поддержка баз данных (БД) регуляторных последовательностей и белков; БД по регуляции генной экспрессии; БД по генным сетям; компьютерный анализ и моделирование метаболических путей; компьютерные методы анализа и распознавания в геноме регуляторных последовательностей; методы анализа и предсказания активности функциональных сайтов в нуклеотидных последовательностях геномов; компьютерные технологии для изучения генной регуляции; предсказания структуры генов; моделирование транскрипционного и трансляционного контроля генной экспрессии; широкомасштабный геномный анализ и функциональное аннотирование нуклеотидных последовательностей; поиск объективных методов аннотирования и выявления различных сигналов в нуклеотидных последовательностях; эволюция регуляторных последовательностей в геномах; характеристики белковой структуры, связанные с регуляцией; экспериментальные исследования механизмов генной экспрессии и развитие интерфейса, связывающего экспериментальные данные с компьютерным анализом геномов. Первые работы по компьютерному анализу последовательностей биополимеров появились еще в 1960-1970-х годах, однако формирование вычислительной биологии как самостоятельной области началось в 1980-х годах после развития методов массового секвенирования ДНК. С точки зрения биолога-экспериментатора, можно выделить пять направлений вычислительной биологии: непосредственная поддержка эксперимента (физическое картирование (см. Физическая карта), создание контиг (см.) и т.п.), организация и поддержание банков данных, анализ структуры и функции ДНК и белков, эволюционные и филогенетические исследования, а также собственно статистический анализ нуклеотидных последовательностей. Разумеется, границы между этими направлениями в значительной мере условны: результаты распознавания белок-кодирующих областей используются в экспериментах по идентификации генов, одним из основных методов предсказания функции белков является поиск сходных белков в базах данных, а для осуществления детального предсказания клеточной роли белка необходимо привлекать филогенетические соображения. В 1982 г. возникли GenBank и EMBL — основные банки нуклеотидных последовательностей. Вскоре после этого были созданы программы быстрого поиска по банку — FASTA и затем BLAST. Позднее были разработаны методы анализа далеких сходств и выделения функциональных паттернов в белках. Оказалось, что даже при отсутствии близких гомологов, можно достаточно уверенно предсказывать функции белков. Эти методы с успехом применялись при анализе вирусных геномов, а затем и позиционно клонированных генов человека. Алгоритмы анализа функциональных сигналов в ДНК ( промоторов, операторов, сайтов связывания рибосом) менее надежны, однако и они в ряде случаев были успешно применены, напр., при анализе пуринового регулона Escherichia coli. Идет активная работа над созданием алгоритмов предсказания вторичной структуры РНК. Алгоритмические аспекты этой проблемы были разрешены достаточно быстро, однако оказалось, что точность экспериментально определенных физических параметров не позволяет осуществлять надежные предсказания. В то же время, сравнительный подход, позволяющий построить общую структуру для группы родственных или выполняющих одну и ту же функцию РНК, дает существенно более точные результаты. Другим важным достижением, связанным с рибосомальными РНК, стало построение эволюционного древа прокариот и вытекающей из него естественной классификации бактерий, используемой в банках нуклеотидных последовательностей, в частности GenBank. Статистическая информация (в виде предсказания GenScan), последовательности гомологичных белков и последовательности EST являются исходным материалом для предсказания генов в последовательностях ДНК человека программой ААТ. Алгоритмы, объединяющие анализ функциональных сигналов в нуклеотидных последовательностях и предсказание вторичной структуры РНК, используются для поиска генов тРНК и самосплайсирующихся интронов. Одновременный анализ белковых гомологий и функциональных сигналов позволил получить интересные результаты при эволюцию системы репликации по механизму катящегося кольца. Опыт показывает, что надежное предсказание функции белка по аминокислотной последовательности возможно лишь при одновременном применении разнонаправленных программ структурного и функционального анализа. Основное — это приближение теоретических методов к биологической практике. Во-первых, вновь создаваемые алгоритмы все ближе имитируют работу биолога. В частности, был формализован итеративный подход к поиску родственных белков в банках данных, позволяющий работать со слабыми гомологиями и искать отдаленные члены белковых семейств. При этом все члены семейства, идентифицированные на очередном шаге, используются для создания очередного образа семейства, являющегося основой для следующего запроса к базе данных. Другим примером являются алгоритмы, формализующие сравнительный подход к предсказанию вторичной структуры регуляторных РНК. Во-вторых, создаваемые алгоритмы непосредственно приближаются к экспериментальной практике. Так, повышение избирательности методов распознавания белок-кодирующих областей (возможно, за счет уменьшения чувствительности) позволяет осуществлять предсказание специфичных гибридизационных зондов и затравок ПЦР. Наконец, развитие Интернета — электронной почты и затем WWW — сняло зависимость от модели компьютера и операционной системы и сделало программы универсальным рабочим инструментом.Англо-русский толковый словарь генетических терминов > Bioinformatics
-
3 technique
технический приём, способ, метод; методикаagar-filtration technique — метод агар-фильтрации (метод предварительной концентрации и частичной очистки вирионов перед иммуноэлектронной микроскопией)
antibody-coated grid technique — метод ( иммуноэлектронной микроскопии) с иммобилизованными на подложке антителами
antigen-coated grid technique — метод ( иммуноэлектронной микроскопии) с иммобилизованными на подложке антигенами
antigen-pulsing technique — метод примирования антигеном (метод оценки способности процессированного в макрофагах антигена активировать сингенные T-лимфоциты)
azo-dye technique — техника азоокрашивания, метод Пирса ( метод гистохимического выявления кислой фосфатазы)
biotin-avidin-amplified immunoperoxidase technique — иммунопероксидазная техника с авидин-биотиновым усилением
bronchial challenge technique — бронхоспастическая проба с аллергеном, бронхопровокационный аллерготест
cell-distance technique — метод ( подсчёта) межклеточных интервалов (метод определения расстояний, пройденных клетками различных популяций от поверхности монослоя, при определении хемотаксической активности лейкоцитов в культуре)
cold target cell inhibition technique — метод подавления цитотоксичности немечеными клетками-мишенями ( в тестах на антителозависимую лимфоцитотоксичность)
colony technique — метод колоний, метод колониеобразования
Coon's technique — метод Кунса ( непрямой иммунофлуоресцентный метод для выявления антигенов в тканях)
cosmid walking technique — метод скрининга космид, метод космидной «прогулки»
coupling technique — метод связывания, метод пришивки; реакция синтеза ( полимера)
Craig's technique — ( антитоксиновая) проба Крейга
direct intrasplenic injection technique — метод прямой внутриселезёночной инъекции (метод оценки потенции колониеобразующей единицы селезёнки без поправки на хоминг-эффект)
double labeling technique — метод двойных антител, сэндвич-метод
enzyme-linked immuno-electron-transfer blot technique — метод иммуноэлектроблоттинга с ферментативным усилением
exon-shuffling technique — метод «перетасовки экзонов»
extracellular quenching technique — метод [техника] внеклеточного гашения (метод изучения фагоцитоза с помощью хемилюминесцентного анализа с гашением флуоресценции непоглощённых бактерий)
Feinberg's technique — метод Файнберга, метод градиентных планшетов ( метод постановки реакции двойной двумерной иммунодиффузии)
fingerprinting technique — метод пептидных карт, метод «отпечатков пальцев», фингерпринт-метод
fluorescent antibody technique — метод флуоресцирующих антител, иммунофлуоресцентный метод
Folin-Ciocalteau technique — метод Лоури, метод Фолина-Чикальтеу ( метод определения содержания белка)
genomic walking technique — метод «прогулки вдоль хромосомы» ( один из методов скрининга геномов)
Grabar-Williams immunoelectrophoretic technique — метод иммуноэлектрофореза по Грабарю и Уильямсу, метод иммуноэлектрофореза с последующей иммунопреципитацией
gradient-plate technique — метод Файнберга, метод градиентных планшетов ( метод постановки реакции двойной двумерной иммунодиффузии)
gradient-tube technique — метод Хейворда-Огюстина, метод иммунодиффузии в пробирках с градиентным гелем
hapten-sandwich technique — «бигаптеновый» метод, сэндвич-гаптеновый метод (оценки эффекта TH-клеток на функцию B-лимфоцитов без их связывания с антигеном)
Hayward-Augustin technique — метод Хейворда-Огюстина, метод иммунодиффузии в пробирках с градиентным гелем
heat shock technique — метод теплового шока, хитшоковый метод
hemolysis-in-gel technique — реакция ( локального) гемолиза в геле
Holm-Wadsworth technique — метод Хольма-Вудсворта, метод камерных планшетов
hot antigen suicide technique — метод самоубийства радиоактивного антигена (метод ингибирования антиген-специфической функции лимфоцитов путём адгезии антигена, меченного высокоактивным изотопом, с антигенсвязывающим лимфоцитом и последующим его радиолизом)
hybrid antibody technique — метод гибридных [гетероспецифических] антител (метод иммуноэлектронной микроскопии с использованием антител, несущих Fab-фрагменты различной специфичности)
immunoadherence technique — метод иммунной адгезии, метод иммунного прилипания, иммуноадгезионный метод
immunoenzyme bridge technique — иммуноферментный «мостиковый» метод ( с использованием системы двойных антител)
immunofluorescence spot technique — метод флуоресцирующих антител к клеточной поверхности, точечный иммунофлуоресцентный метод
immunofluorescent technique — метод флуоресцирующих антител, иммунофлуоресцентный метод
inhibition plate technique — метод Бьёркланда ( метод ингибирования реакции иммунодиффузии на планшетах)
interfacial technique — метод разграничивающих фаз ( реакция преципитации на границе раздела двух прозрачных фаз)
Jenning's technique — метод целеуказанной двойной диффузии в геле, метод Дженнинга
Kaminski-Wright technique — метод Каминского-Райта (количественный иммунодиффузионный метод определения оптимальных соотношений в реакции антиген-антитело)
killing technique — цитолитический метод, метод лизиса клеток
Laurell's technique — метод ракетного иммуноэлектрофореза по Лауреллу, метод однонаправленной простой электроиммунодиффузии
leading-front technique — метод лидирующей границы (метод определения хемотаксиса лейкоцитов путём измерения расстояния, пройденного быстромигрирующими клетками)
macroagarose technique — макрометод в агарозе ( метод визуализации активности факторов миграции лейкоцитов)
micropore technique — 1) метод ультрафильтрации 2) метод миллипоровых [диффузионных] камер
microprobe technique — микрозондовая техника ( метод скрининга с использованием в качестве зонда микроколичеств антител)
microsectioning technique — метод ( подсчёта) межклеточных интервалов (метод определения расстояний, пройденных клетками различных популяций от поверхности монослоя, при определении хемотаксической активности лейкоцитов в культуре)
microwell pseudoreplica immunoelectron microscopy technique — метод иммуноэлектронной микроскопии с использованием микролуночных псевдореплик
mixed agglutination technique — реакция смешанной агглютинации ( при анализе родственных или перекрёстнореагирующих детерминант)
monolayer technique — метод монослоя, метод ( культивирования) в монослое
multiple-puncture technique — метод множественных инъекций (метод получения антисывороток путём инъекции антигена в различные участки поверхности тела особи)
multiple-site technique — метод множественных инъекций (метод получения антисывороток путём инъекции антигена в различные участки поверхности тела особи)
Nothern blotting technique — назерн-блоттинг (метод определения фрагмента РНК, содержащего искомую последовательность, путём гибридизации разделённых электрофорезом фрагментов с радиоактивным зондом)
no touch technique — метод обязательной дотрансплантационной криоперфузии, органосохранная техника криоперфузии
Oakley-Fulthorpe technique — метод Оукли-Фулторпа, метод двойной однонаправленной иммунодиффузии
objective double diffusion plate technique — метод целеуказанной двойной диффузии в геле, метод Дженнинга
O'Farrel electrophoretic technique — метод электрофореза по Фаррелу ( метод двумерного электрофореза белков)
Ornstein-Davis electrophoretic technique — метод электрофореза по Орнстейну-Дэвису ( в неденатурирующих условиях)
Oss-Bronson technique — иммунореофорез, метод Осса-Бронсона ( двойная двумерная иммунодиффузия в геле)
panning technique — «пэннинг»-метод (метод фракционирования и сортировки клеток путём просеивания их через сорбент с иммобилизованными антителами или антигенами)
paraffin-embedding technique — техника заключения [техника заливки] в парафин, техника приготовления парафиновых срезов
patch-clamp technique — метод «открытия-закрытия» (метод оценки проницаемости клеточных ионных каналов с использованием пэтч-пипеток)
plate chamber technique — метод Хольма-Вудсворта, метод камерных планшетов
protein A-coated bacteria technique — метод иммобилизованных стафилококков, содержащих протеин A
protein A-coated grid technique — метод ( иммуноэлектронной микроскопии) с иммобилизованным на подложке протеином A
protein-sequencing technique — техника секвенирования белка ( метод определения первичной структуры белка)
quail-chick marker technique — метод перепелино-куриных маркированных химер ( для анализа участия мезенхимы в гистогенезе тимуса)
Race-Sanger technique — метод Рейса-Сэнджера ( для определения резус-принадлежности большого количества образцов крови)
radioimmunolocalization technique — радиоиммунотопографический метод, метод радиоиммунолокализации (метод анализа тканевой локализации антигена с помощью радиомеченых антител)
Raja cell technique — метод Raja-клеток (метод подсчёта прикрепившихся к Raja-клеткам комплемент-содержащих иммунных комплексов)
Rebuck's technique — метод Ребака, метод «кожных окошек» (метод количественной оценки реакции кожной гиперчувствительности на аллерген, путём определения хемотаксической активности клеток, мигрировавших на покровном стекле из участка скарификации)
Richardson's technique — методика Ричардсона (способ получения лиофилизированного комплемента из свежевыделенной сыворотки морской свинки)
Rinkel technique — титрование аллергена методом серийных разведений ( для кожных проб), метод Ринкеля
rosetting technique — метод розеткообразования, метод розеток
sequential fusion technique — методика поэтапного слияния, каскадный метод ( получения и идентификации гибридом к минорным антигенам)
serum in agar technique — метод агаровой сыворотки ( метод предварительной концентрации и очистки серотипов вирионов)
Sewell's technique — метод Сьюэлла (количественный иммунодиффузионный метод определения оптимальных соотношений антиген-антитело)
single radial immunodiffusion technique — метод простой радиальной иммунодиффузии, метод Манчини
skin chamber technique — метод Ребака, метод «кожных окошек» (метод количественной оценки реакции кожной гиперчувствительности на аллерген, путём определения хемотаксической активности клеток, мигрировавших на покровном стекле из участка скарификации)
skin window technique — метод Ребака, метод «кожных окошек» (метод количественной оценки реакции кожной гиперчувствительности на аллерген, путём определения хемотаксической активности клеток, мигрировавших на покровном стекле из участка скарификации)
solid-phase antigen luminescence technique — твердофазный люминесцентный анализ с ( меченым) антигеном
Southern blotting technique — блоттинг-метод по Саузерну, Саузерн-блоттинг (метод определения фрагмента ДНК, содержащего искомый ген, путём гибридизации разделённых электрофорезом фрагментов с радиоактивным зондом)
spin, cool and filter technique — метод центрифугирования и фильтрации на холоде ( способ получения безлейкоцитарного препарата эритроцитов)
spleen colony technique — метод селезёночных колоний, метод Тилла и Мак-Куллоха
spot-agar plaque technique — метод бляшкообразования в агаре ( реакция нейтрализации вируса в клеточной культуре)
suiciding technique — метод «самоубийства» (метод массовой гибели активнопролиферирующих клеток путём добавления в культуру этих клеток избытка радиоактивного тимидина)
Svendsen's immunoelectrophoretic technique — метод слитного ракетного иммуноэлектрофореза, метод Свендсена
three-basin plate technique — метод триплетных [трёхлуночных] планшетов ( метод сравнительного иммунодиффузионного анализа по Оухтерлони)
two pulse technique — метод «двух стимулов», метод Медавара ( метод приготовления антилимфоцитарной антисыворотки)
Wang's microimmunofluorescence technique — иммунофлуоресцентный микрометод Вэнга ( для определения антихламидийных антител)
Weber-Osborn electrophoretic technique — метод электрофореза по Веберу и Осборну ( в непрерывной системе буферов)
Western blotting technique — вестерн-блоттинг (метод определения искомого белка в сложной белковой смеси путём гибридизации разделённых электрофорезом белков с меченым зондом, напр. антителом)
-
4 DAF
1) Геология: Dissolved Air Flotation/Filtration2) Авиация: damping alleviation function3) Военный термин: Department of the Air Force, Destination Address Field, Direct Aerial Fire, delayed-action fuze, demonstration air force, departure airfield, direct-action fuze, double apron fence4) Техника: Department of Air Force, data acquisition facility, data analysis facility, delay amplification factor, development amendment form, direct access file5) Юридический термин: delivered at frontier6) Лингвистика: замедленная7) Ветеринария: Department of Agriculture and Food (Ireland)8) Сокращение: Delivered of frontier9) Вычислительная техника: файл дисплейных атрибутов, Distributed Application Framework (CCITT)11) Иммунология: decay-accelerating factor, decay-accelerating factor (комплементзависимый)12) Биотехнология: Derived allele frequency13) Транспорт: поставка на границе (delivered at frontier)14) Экология: dissolved-air flotation15) Деловая лексика: доставленный к границе (delivered at frontier)16) Глоссарий компании Сахалин Энерджи: dynamic amplification factor17) ЕБРР: даф (delivered at frontier; доставка товаров до границы)18) Полимеры: diallyl fumarate19) Международные перевозки: Delivered at frontier (Incoterms) -
5 daf
1) Геология: Dissolved Air Flotation/Filtration2) Авиация: damping alleviation function3) Военный термин: Department of the Air Force, Destination Address Field, Direct Aerial Fire, delayed-action fuze, demonstration air force, departure airfield, direct-action fuze, double apron fence4) Техника: Department of Air Force, data acquisition facility, data analysis facility, delay amplification factor, development amendment form, direct access file5) Юридический термин: delivered at frontier6) Лингвистика: замедленная7) Ветеринария: Department of Agriculture and Food (Ireland)8) Сокращение: Delivered of frontier9) Вычислительная техника: файл дисплейных атрибутов, Distributed Application Framework (CCITT)11) Иммунология: decay-accelerating factor, decay-accelerating factor (комплементзависимый)12) Биотехнология: Derived allele frequency13) Транспорт: поставка на границе (delivered at frontier)14) Экология: dissolved-air flotation15) Деловая лексика: доставленный к границе (delivered at frontier)16) Глоссарий компании Сахалин Энерджи: dynamic amplification factor17) ЕБРР: даф (delivered at frontier; доставка товаров до границы)18) Полимеры: diallyl fumarate19) Международные перевозки: Delivered at frontier (Incoterms) -
6 opine
Опин — одна из серии необычных аминокислот или производных сахара, специфически синтезирующихся раковыми клетками корончатых галлов, образованных агробактерией Agrobacterium tumefaciens. Гены О. находятся на Ti-плазмиде недалеко от правой границы Т-ДНК и не транскрибируются (или транскрибируются очень слабо) в агробактериях, однако после интеграции в геном растения экспрессируются конститутивно. Образование О. катализирует опин-синтаза. О. не используются раковыми клетками растений и секретируются в окружающую среду. Клетки агробактерий катаболизируют О., т. к. они содержат Ti-плазмиду, у которой есть необходимые для этого гены. Для агробактерий О. служат источником углерода, азота и энергии. Кроме того, О. активируют tra-гены Ti-плазмиды и т.обр. способствуют распространению плазмиды в бактериальной популяции. О. являются маркерами рака у растений.Англо-русский толковый словарь генетических терминов > opine
См. также в других словарях:
Т-ДНК границы — * Т ДНК межы * T DNA borders прямые повторяющиеся последовательности размером в 25 п. о., фланкирующие Т область в Ti плазмиде (см.). Т ДНК T4 ДНК лигаза 765 г. очень важны для vir индуцируемого вырезания Т нити после контакта бактерии с клетками … Генетика. Энциклопедический словарь
Инсуляторные ДНК ДНК-инсуляторы — Инсуляторные ДНК, ДНК инсуляторы * інсуляторныя ДНК, ДНК інсулятары * insulator DNAs сегменты ДНК, служащие для изоляции генов внутри определенного домена, путем блокирования взаимодействия энхансеров, расположенных на одной стороне домена, с… … Генетика. Энциклопедический словарь
Гаплогруппа A (Y-ДНК) — У этого термина существуют и другие значения, см. Гаплогруппа A. Гаплогруппа A Тип Y ДНК Время появления 75000 120000 Место появления Африка Предковая группа Адам Субклады A1, A2, A3 Мутации маркеры M91 Преобладающие носители койсаны, бушмены,… … Википедия
ГЕН — (от греч. genos род, происхождение), наследственный фа ктор, функционально неделимая единица генетич. материала; участок молекулы ДНК (у нек рых вирусов РНК), кодирующий первичную структуру полипептида, молекулы транспортной или ри босомальной… … Биологический энциклопедический словарь
Медицина — I Медицина Медицина система научных знаний и практической деятельности, целями которой являются укрепление и сохранение здоровья, продление жизни людей, предупреждение и лечение болезней человека. Для выполнения этих задач М. изучает строение и… … Медицинская энциклопедия
Франция — (France) Французская Республика, физико географическая характеристика Франции, история Французской республики Символика Франции, государственно политическое устройство Франции, вооружённые силы и полиция Франции, деятельность Франции в НАТО,… … Энциклопедия инвестора
Восток (озеро) — У этого термина существуют и другие значения, см. Восток (значения). Озеро Восток Координаты: Координаты … Википедия
Озеро Восток — Координаты: 77°00′00″ ю. ш. 105°00′00″ в. д. / 77° ю. ш. 105° в. д. … Википедия
Эци — Ötzi Дата рождения … Википедия
Расписная черепаха — Научная классификация … Википедия
Марадона, Диего Армандо — Диего Марадона … Википедия